Linux Mint Japan 日本語フォーラム

こちらの記事見て確認したところ、私の環境でもいつの間にか絵文字が表示されなくなってました。（トピックの画像と同じ症状）
mozc辞書で絵文字と顔文字を変換候補から外していたので気づかなかった。ブラウザでは表示されてるのでね。
で、色々調べたところ解決しましたので参考までに。

原因：~/.config/fontconfig/conf.d/19-DefaultProperties.conf の embeddedbitmap が false になっている。
解決：フォントマネージャーの設定で、use embedded bitmaps を オン にしてセーブする。
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